Transcriptome and proteome exploration to provide a resource for the study of Agrocybe aegerita.
Identifieur interne : 002443 ( Main/Exploration ); précédent : 002442; suivant : 002444Transcriptome and proteome exploration to provide a resource for the study of Agrocybe aegerita.
Auteurs : Man Wang [République populaire de Chine] ; Bianli Gu ; Jie Huang ; Shuai Jiang ; Yijie Chen ; Yalin Yin ; Yongfu Pan ; Guojun Yu ; Yamu Li ; Barry Hon Cheung Wong ; Yi Liang ; Hui SunSource :
- PloS one [ 1932-6203 ] ; 2013.
Descripteurs français
- KwdFr :
- Agrocybe (génétique), Agrocybe (métabolisme), Analyse de profil d'expression de gènes (méthodes), Annotation de séquence moléculaire (MeSH), Corps fructifères de champignon (génétique), Corps fructifères de champignon (métabolisme), Données de séquences moléculaires (MeSH), Mycelium (génétique), Mycelium (métabolisme), Métabolisme énergétique (génétique), Polyosides (biosynthèse), Protéines fongiques (génétique), Protéines fongiques (métabolisme), Protéome (analyse), Protéomique (méthodes), RT-PCR (MeSH), Réseaux de régulation génique (génétique), Spectrométrie de masse ESI (MeSH), Spectrométrie de masse en tandem (MeSH), Stéroïdes (biosynthèse), Séquençage nucléotidique à haut débit (méthodes), Transcriptome (génétique), Vocabulaire contrôlé (MeSH), Électrophorèse sur gel de polyacrylamide (MeSH), Étiquettes de séquences exprimées (MeSH).
- MESH :
- analyse : Protéome.
- biosynthèse : Polyosides, Stéroïdes.
- génétique : Agrocybe, Corps fructifères de champignon, Mycelium, Métabolisme énergétique, Protéines fongiques, Réseaux de régulation génique, Transcriptome.
- métabolisme : Agrocybe, Corps fructifères de champignon, Mycelium, Protéines fongiques.
- méthodes : Analyse de profil d'expression de gènes, Protéomique, Séquençage nucléotidique à haut débit.
- Annotation de séquence moléculaire, Données de séquences moléculaires, RT-PCR, Spectrométrie de masse ESI, Spectrométrie de masse en tandem, Vocabulaire contrôlé, Électrophorèse sur gel de polyacrylamide, Étiquettes de séquences exprimées.
English descriptors
- KwdEn :
- Agrocybe (genetics), Agrocybe (metabolism), Electrophoresis, Polyacrylamide Gel (MeSH), Energy Metabolism (genetics), Expressed Sequence Tags (MeSH), Fruiting Bodies, Fungal (genetics), Fruiting Bodies, Fungal (metabolism), Fungal Proteins (genetics), Fungal Proteins (metabolism), Gene Expression Profiling (methods), Gene Regulatory Networks (genetics), High-Throughput Nucleotide Sequencing (methods), Molecular Sequence Annotation (MeSH), Molecular Sequence Data (MeSH), Mycelium (genetics), Mycelium (metabolism), Polysaccharides (biosynthesis), Proteome (analysis), Proteomics (methods), Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (MeSH), Spectrometry, Mass, Electrospray Ionization (MeSH), Steroids (biosynthesis), Tandem Mass Spectrometry (MeSH), Transcriptome (genetics), Vocabulary, Controlled (MeSH).
- MESH :
- chemical , analysis : Proteome.
- chemical , biosynthesis : Polysaccharides, Steroids.
- chemical , genetics : Fungal Proteins.
- genetics : Agrocybe, Energy Metabolism, Fruiting Bodies, Fungal, Gene Regulatory Networks, Mycelium, Transcriptome.
- metabolism : Agrocybe, Fruiting Bodies, Fungal, Fungal Proteins, Mycelium.
- methods : Gene Expression Profiling, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Proteomics.
- Electrophoresis, Polyacrylamide Gel, Expressed Sequence Tags, Molecular Sequence Annotation, Molecular Sequence Data, Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction, Spectrometry, Mass, Electrospray Ionization, Tandem Mass Spectrometry, Vocabulary, Controlled.
Abstract
BACKGROUND
Agrocybe aegerita, the black poplar mushroom, has been highly valued as a functional food for its medicinal and nutritional benefits. Several bioactive extracts from A. aegerita have been found to exhibit antitumor and antioxidant activities. However, limited genetic resources for A. aegerita have hindered exploration of this species.
METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS
To facilitate the research on A. aegerita, we established a deep survey of the transcriptome and proteome of this mushroom. We applied high-throughput sequencing technology (Illumina) to sequence A. aegerita transcriptomes from mycelium and fruiting body. The raw clean reads were de novo assembled into a total of 36,134 expressed sequences tags (ESTs) with an average length of 663 bp. These ESTs were annotated and classified according to Gene Ontology (GO), Clusters of Orthologous Groups (COG), and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) metabolic pathways. Gene expression profile analysis showed that 18,474 ESTs were differentially expressed, with 10,131 up-regulated in mycelium and 8,343 up-regulated in fruiting body. Putative genes involved in polysaccharide and steroid biosynthesis were identified from A. aegerita transcriptome, and these genes were differentially expressed at the two stages of A. aegerita. Based on one-dimensional gel electrophoresis (1-DGE) coupled with electrospray ionization liquid chromatography tandem MS (LC-ESI-MS/MS), we identified a total of 309 non-redundant proteins. And many metabolic enzymes involved in glycolysis were identified in the protein database.
CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE
This is the first study on transcriptome and proteome analyses of A. aegerita. The data in this study serve as a resource of A. aegerita transcripts and proteins, and offer clues to the applications of this mushroom in nutrition, pharmacy and industry.
DOI: 10.1371/journal.pone.0056686
PubMed: 23418592
PubMed Central: PMC3572045
Affiliations:
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Several bioactive extracts from A. aegerita have been found to exhibit antitumor and antioxidant activities. However, limited genetic resources for A. aegerita have hindered exploration of this species.</p></div><div type="abstract" xml:lang="en"><p><b>METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS</b></p><p>To facilitate the research on A. aegerita, we established a deep survey of the transcriptome and proteome of this mushroom. We applied high-throughput sequencing technology (Illumina) to sequence A. aegerita transcriptomes from mycelium and fruiting body. The raw clean reads were de novo assembled into a total of 36,134 expressed sequences tags (ESTs) with an average length of 663 bp. These ESTs were annotated and classified according to Gene Ontology (GO), Clusters of Orthologous Groups (COG), and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) metabolic pathways. 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Gene expression profile analysis showed that 18,474 ESTs were differentially expressed, with 10,131 up-regulated in mycelium and 8,343 up-regulated in fruiting body. Putative genes involved in polysaccharide and steroid biosynthesis were identified from A. aegerita transcriptome, and these genes were differentially expressed at the two stages of A. aegerita. Based on one-dimensional gel electrophoresis (1-DGE) coupled with electrospray ionization liquid chromatography tandem MS (LC-ESI-MS/MS), we identified a total of 309 non-redundant proteins. And many metabolic enzymes involved in glycolysis were identified in the protein database.</AbstractText><AbstractText Label="CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE" NlmCategory="CONCLUSIONS">This is the first study on transcriptome and proteome analyses of A. aegerita. 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